Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System User Manual

Olink® Explore minangka platform immunoassay multiplex kanggo panemuan biomarker protein manungsa. Prodhuk iki dimaksudaké kanggo Riset Mung Gunakake, lan ora digunakake ing prosedur diagnostik. Karya laboratorium mung kudu ditindakake dening staf laboratorium sing dilatih. Pangolahan data mung kudu ditindakake dening staf sing dilatih. Asil kasebut dimaksudake kanggo digunakake dening peneliti bebarengan karo temuan klinis utawa laboratorium liyane.

Babagan manual iki

Manual pangguna iki menehi instruksi sing dibutuhake kanggo ngurutake Olink® Explore Libraries ing Illumina® NextSeq™ 2000. Pandhuan kasebut kudu ditindakake kanthi ketat lan eksplisit. Sembarang panyimpangan ing kabeh langkah laboratorium bisa nyebabake data cacat. Sadurunge miwiti alur kerja laboratorium, hubungi Olink® Explore Overview Manual pangguna kanggo introduksi menyang platform, kalebu informasi babagan reagen, peralatan lan dokumentasi sing dibutuhakeview saka alur kerja, uga pedoman laboratorium. Kanggo instruksi babagan cara mbukak Olink® Explore Reagent Kits, waca Olink® Explore User Manual sing ditrapake. Kanggo pangolahan data lan analisis asil urutan Olink® Explore, waca Pandhuan Panganggo Olink® MyData Cloud. Kabeh merek dagang lan hak cipta sing ana ing materi iki minangka properti saka Olink® Proteomics AB, kajaba nyatakake.

Dhukungan teknis

Kanggo dhukungan teknis, hubungi Olink Proteomics ing: support@olink.com.

Instruksi laboratorium

Bab iki menehi pitunjuk babagan carane ngurutake Pustaka Olink ing NextSeq™ 2000 nggunakake Reagen NextSeq™ 1000/2000 P2 (100 Siklus) v3. Protokol sing digunakake kanggo urutan yaiku adaptasi saka alur kerja NGS standar Illumina® kanggo Illumina® NextSeq™ 2000. Sadurunge nerusake urutan, priksa manawa kualitas Perpustakaan Olink sing wis diresiki wis diverifikasi. Delengen Manual pangguna Olink Explore sing ditrapake kanggo instruksi babagan kontrol kualitas.

Rencanakake urutan urutan

Siji Pustaka Olink bisa diurutake saben sel aliran NextSeq™ 2000 P2 lan saben roto. Jumlah sel aliran P2 lan mlaku dibutuhake kanggo urutan beda Olink Explore Reagent Kits diterangake ing Tabel 1. Yen luwih saka siji roto dibutuhake, mbaleni instruksi diterangake ing manual iki.

Tabel 1. Sequencing run planning

Olink® Explore Reagen Kit	Jumlah Pustaka Olink	Jumlah sel aliran lan run (s)
Olink® Explore 384 Reagen Kit	1	1
Olink® Explore 4 x 384 Reagen Kit	4	4
Olink® Explore 1536 Reagen Kit	4	4
Olink® Jelajahi Kit Reagen Ekspansi	4	4
Olink® Explore 3072 Reagen Kit	8	8

Instal resep khusus Olink®

Simpen resep khusus Olink xml-file Olink_NSQ2K_P2_V1 ing folder instrumen sing cocog.

CATETAN: Resep khusus Olink mung bakal bisa digunakake karo kit NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Siklus) v3 lan piranti lunak kontrol NextSeq™ 1000/2000 v1.2 utawa v1.4.

Siapke reagen urutan

Sajrone langkah iki, kartrij reagen sing ngemot clustering lan reagen urutan dilebur lan sel aliran disiapake.

WARNING: Kartrid reagen ngemot bahan kimia sing bisa mbebayani. Nganggo peralatan pelindung sing nyukupi lan mbuwang reagen sing digunakake miturut standar sing ditrapake. Kanggo informasi luwih lengkap, waca Pandhuan Sistem Illumina NextSeq 1000 lan 2000 (dokumen #1000000109376).

Siapke kartrid reagen

Cairan kartrij sing durung dibukak bisa ditindakake kanthi nggunakake telung cara sing beda: ing suhu kamar, ing adus banyu sing dikontrol, utawa ing kulkas.

Siapke bangku

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 siklus)

instruksi

Cairan kartrid reagen kaya sing diterangake ing Tabel 2.

Tabel 2. Metode pencairan kartrid reagen

Metode thawing	instruksi
Ing suhu kamar	Tanpa mbukak tas foil perak, selehake kartrij reagen beku ing bangku lan cair ing suhu kamar suwene 9 jam. Aja ngluwihi 16 jam. Priksa manawa label tas madhep munggah lan udhara bisa sirkulasi ing kartrid.
Ing adus banyu	Tanpa mbukak tas foil perak, selehake kartrij reagen beku setengah tenggelam ing adus banyu 25 °C sing dikontrol lan diendhegake nganti 6 jam. Aja ngluwihi 8 jam. Priksa manawa label tas madhep munggah lan kartrid ora kuwalik nalika thawing. Garing kartrid sak tenane nganggo andhuk kertas.
Ing kulkas	Tanpa mbukak tas foil perak, pasang kartrij ing bangku lan thaw ing suhu kamar suwene 6 jam. Priksa manawa label tas madhep munggah lan udhara bisa sirkulasi ing kartrid. Rampung thawing kartrid ing kulkas nganti 12 jam. Aja ngluwihi 72 jam. Sadurunge mbukak, copot kartrij sing durung dibukak saka kulkas lan ngidini tekan suhu kamar paling ora 15 menit, nanging ora luwih saka 1 jam.

CATETAN: Kartrid sing wis dicairake ora bisa beku lan kudu disimpen ing suhu 4 °C, wektu maksimal 72 jam.

Siapke sel aliran

Siapke bangku

1x NextSeq™ 1000/2000 Sel Aliran P2

instruksi

Bawa sel aliran sing didhekake menyang suhu kamar kanggo 10-15 menit.

Siapke Pustaka Olink® kanggo urutan

Sajrone langkah iki, Perpustakaan Olink sing diresiki lan dikontrol kualitas diencerake nganti konsentrasi loading pungkasan. Elinga yen denaturasi Pustaka ditindakake kanthi otomatis ing piranti kasebut.

Siapke bangku

Lib Tube, disiapake miturut Manual pangguna Olink Explore sing ditrapake
1x RSB karo Tween 20
MilliQ banyu
2 x tabung mikrocentrifuge (1.5 mL)
Pipet manual (10, 100, dan 1000 μL)
Filter pipette tips

Sadurunge sampeyan miwiti

Thaw Tabung Lib yen beku.
Copot RSB beku kanthi Tween 20 ing suhu kamar suwene 10 menit. Simpen ing +4 ° C nganti digunakake.
Tandhani rong tabung microcentrifuge 1.5 mL anyar kaya ing ngisor iki:
- Tandhani siji tabung "Dil" (kanggo Pustaka sing diencerke 1:100)
- Tandhani siji tabung "Seq" (kanggo siap mbukak Pustaka)

instruksi

Tambah 495 μL banyu MilliQ menyang Dil Tube.

Vortex Lib Tube lan muter mudhun sedhela.
Transfer 5 μL kanthi manual saka Lib Tube menyang Dil Tube.
Vortex Dil Tube lan muter mudhun sedhela.

Tambah 20 μL RBS karo Tween 20 menyang Seq Tube.
Transfer 20 μL kanthi manual saka Dil Tube menyang Seq Tube.
Vortex Seq Tube lan muter mudhun sedhela.

Langsung terus 2.5 Muat sel aliran lan Olink® Library menyang kartrij reagen.

CATETAN: Simpen Lib Tube (s) ing -20 °C ing cilik saka potensial maneh (s).

Muat sel aliran lan Olink® Library menyang kartrid reagen

Sajrone langkah iki, sel aliran lan Perpustakaan Olink sing diencerke dimuat menyang kartrij reagen sing dicairake.

Siapke bangku

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 siklus), disiapake ing langkah sadurunge
1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, disiapake ing langkah sadurunge

Seq Tube (karo siap kanggo mbukak diencerke Olink Library), disiapake ing langkah sadurunge
Pipet ukur manual (100 μL)
Pipet ukur (1 mL)

Siapke kartrid

Copot kartrid saka tas foil perak.
Balikake kartrid kaping sepuluh kanggo nyampur sak tenane reagen thawed ing.

CATETAN: Iku normal kanggo krungu komponen internal jingling.

Muat sel aliran menyang kartrid

Yen wis siyap kanggo mbukak sel aliran menyang kartrid, copot sel aliran saka paket. Tahan sel aliran ing tab abu-abu, kanthi label ing tab madhep munggah. Gunakake sarung tangan bebas wêdakakêna anyar supaya ora kontaminasi lumahing kaca saka sel aliran.
Lebokake sel aliran menyang slot sel aliran ing ngarep kartrid. Klik sing bisa dirungokake nuduhake yen sel aliran wis diselehake kanthi bener.

Copot tab abu-abu kanthi narik metu.

Muat Olink® Library menyang kartrid

Pierce reservoir Library karo resik 1 mL pipette tip.

Muat 20 μL Perpustakaan Olink saka Seq Tube menyang ngisor reservoir perpustakaan.

Nindakake urutan urutan Olink®

Sajrone langkah iki, kartrij Buffer kanthi sel aliran sing dimuat lan Perpustakaan Olink dimuat menyang NextSeq™ 2000, lan urutan urutan diwiwiti nggunakake resep Olink.

Siapke bangku

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 siklus) dimuat karo NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell lan Olink Library sing diencerke, disiapake ing langkah sadurunge.

Konfigurasi Mode Run

Saka menu piranti lunak kontrol, pilih Setelan.

Ing BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support, pilih Local Run Setup.
Pilih Mung Dhukungan Proaktif minangka setelan tambahan. Fungsi iki mbutuhake sambungan internet.
Pilih Lokasi Hosting kanggo data sampeyan. Lokasi Hosting kudu ing utawa cedhak karo wilayah sampeyan.

Setel lokasi Output Folder kanggo data mentah mbukak saiki. Pilih Pilih kanggo navigasi lan pilih folder output.
Pilih kothak centhang Denatur lan Dilute On Board kanggo denaturasi lan dilute Library kanthi otomatis ing piranti kasebut.
Pilih kothak centhang Purge Reagent Cartridge kanggo ngresiki kanthi otomatis reagen sing ora digunakake menyang kompartemen reagen sing wis digunakake ing kartrid.

Pilih kothak centhang Otomatis kanggo nganyari piranti lunak kanggo mriksa nganyari piranti lunak kanthi otomatis (opsional). Fungsi iki mbutuhake sambungan internet.
Pilih Simpen.

Setel parameter run

CATETAN: Pandhuan iki ditrapake kanggo versi 1.4 saka piranti lunak kontrol NextSeq™ 1000/2000. Sawetara langkah sing diterangake ing ngisor iki bisa uga beda nalika nggunakake versi v1.2

Saka menu piranti lunak kontrol, pilih Mulai.
Pilih Manually Set Up New Run banjur tekan Setup.
Ing kaca Run Setup, atur parameter run kaya ing ngisor iki:
- Ing kolom Run Name, ketik ID eksperimen unik.
- Ing dhaptar gulung-mudhun Tipe Waca, pilih opsi Waca Tunggal.
- Ketik nomer siklus kaya ing ngisor iki:
  - Waca 1: 24
  - Indeks 1: 0
  - Indeks 2: 0
  - Waca 2: 0

CATETAN: Penting yen Waca 1 disetel dadi 24, yen ora, kabeh roto bakal gagal. Nglirwakake pesen bebaya nalika ngetik nomer siklus.

Ing dhaptar gulung Custom Primer Wells, pilih No.

Ing kolom Resep Kustom (opsional), pilih Pilih kanggo navigasi lan pilih XML resep khusus file Olink_NSQ2K_P2_V1. Pilih Open.
Aja ngimpor Sample Lembar.
Priksa manawa lokasi Folder Output wis bener. Yen ora, pilih Pilih kanggo navigasi lan pilih lokasi folder output sing dikarepake.

Ing lapangan Denatur lan Dilute Onboard, pilih Diaktifake saka dhaptar gulung mudhun.
Pilih Prep.

Muat kartrid sing diisi

Pilih Muat. Visor instrumen mbukak lan tray metu.
Selehake kartrid sing dimuat ing tray kanthi label madhep munggah lan sel aliran ing jero instrumen.
Pilih Tutup.

Sawise kartrij diisi kanthi bener, verifikasi parameter run banjur pilih Urutan. Instrumen nindakake mriksa pra-run kanggo instrumen lan fluidics.
- CATETAN: Sajrone mriksa fluidics, samesthine bakal krungu sawetara swara popping.
Pesthekake yen mlaku diwiwiti sawise pamriksa pra-roto otomatis wis rampung (~ 15 menit). Wektu mlaku urutan kira-kira 10h30 min.
- CATETAN: Kanggo gagal mriksa sadurunge mbukak, waca pandhuan pabrikan. Ati-ati supaya ora nabrak utawa ngganggu NextSeq™ 2000 sajrone urutane. Instrumen kasebut sensitif marang getaran.
Ngresiki area kerja.

Monitor Kemajuan Run

Olink nggunakake NGS minangka wacan kanggo ngitung jumlah urutan sing dikawruhi supaya bisa ngira konsentrasi protein sing diwenehake ing s.amples (relatif karo liyane samples). Kualitas data saka saben Explore sequencing run utamané ditemtokake dening paramèter QC unik kanggo teknologi Olink. Mula, metrik kontrol kualitas standar sing digunakake ing NGS konvensional, kayata Q-skor, kurang kritis.

Eject lan mbuang kartrid sawise roto

WARNING: Set reagen iki ngemot bahan kimia sing bisa mbebayani. Nganggo peralatan pelindung sing nyukupi lan mbuwang reagen sing digunakake miturut standar sing ditrapake. Kanggo informasi luwih lengkap, waca Pandhuan Sistem Illumina NextSeq 1000 lan 2000 (dokumen #1000000109376).

Nalika roto rampung, pilih Eject Cartridge.
- CATETAN: Kartrid bekas kalebu sel aliran bisa ditinggalake nganti mlaku sabanjure, nanging ora luwih saka 3 dina.
Copot kartrid saka tray.
Buang reagen miturut standar sing ditrapake.

Pilih Close Door. Baki diisi maneh.
Pilih Ngarep kanggo bali menyang layar Ngarep.
- CATETAN: Amarga kartrij ngemot kabeh mekanisme kanggo mbukak sistem, uga reservoir kanggo ngumpulake reagen sing digunakake, ora perlu ngumbah instrumen sawise mlaku.

Riwayat revisi

Versi	Tanggal	Katrangan
1.0	2021-12-01	Anyar

www.olink.com

Kanggo Riset Gunakake Mung. Ora kanggo Gunakake ing Prosedur Diagnostik.

Produk iki kalebu lisensi kanggo panggunaan non-komersial produk Olink. Pangguna komersial mbutuhake lisensi tambahan. Hubungi Olink Proteomics AB kanggo rincian. Ora ana jaminan, ditulis utawa diwenehake, sing ngluwihi katrangan iki. Olink Proteomics AB ora tanggung jawab kanggo karusakan property, bundhas pribadi, utawa mundhut ekonomi disebabake prodhuk iki. Merek dagang ing ngisor iki diduweni dening Olink Proteomics AB: Olink®. Produk iki dijamin dening sawetara paten lan aplikasi paten kasedhiya ing https://www.olink.com/patents/.

Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Swedia

1193, v1.0, 2021-12-01

Dokumen / Sumber Daya

Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System [pdf] Manual pangguna
NextSeq 2000, Explore Sequencing System, NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Referensi

Manual pangguna

Olink NextSeq 2000 Explore Sequencing System

Cathetan dokumen

Pambuka

Dhukungan teknis

Instruksi laboratorium

Siapke reagen urutan

Siapke kartrid reagen

Siapke sel aliran

Siapke Pustaka Olink® kanggo urutan

Muat sel aliran lan Olink® Library menyang kartrid reagen

Muat sel aliran menyang kartrid

Nindakake urutan urutan Olink®

Setel parameter run

Eject lan mbuang kartrid sawise roto

Riwayat revisi

Dokumen / Sumber Daya

Referensi

Ninggalake komentar

Batal balesan